目前所说的穴位注射法，通常是指药物穴位注射法。穴位注射法的应用范围非常广泛，几乎已被应用于临床各科。实践证明，许多疾病用穴位注射疗法可获得痊愈，有些疾病用此疗法配合治疗，有缩短疗程的功效。因此，正确掌握穴位注射的应用方法是保证疗效的关键。
穴位选择三法 (1)辨证取穴是中医针刺取穴的基本原则。应通过辨证来确定疾病证型，选取穴位组合成方，进行穴位注射，如头痛，以前额部为主者取阳明经穴为主，如合谷、内庭；以侧头部为主者取少阳经穴为主，如外关、足临泣；以后头部或枕痛连项者取太阳经穴为主，如养老、昆仑；以巅顶部为主者取足厥阴经穴为主，如太冲、行间等，都是按经络辨证来取穴的。又如中风半身不遂，常取合谷、曲池、手三里和足三里、上巨墟、丰隆等穴，因阳明经多气多血，气血畅旺，正气得以扶持，即可使机体功能渐复。临床上既可在病变局部取穴，也可循经远取，更可远近穴配用。
(2)学会选择阳性反应点。阳性反应点又称经穴阳性物，如结节、条索状物或玫瑰点状丘疹等。穴位注射前可结合经络，穴位的触诊法选取阳性反应点进行治疗，即用拇指指腹以均匀一致的力量在患者体表进行触摸、按压、滑动以检查有无压痛结节、条索状物等阳性反应物，以及皮肤的凹陷、隆起、色泽变化等。检查的部位多在背腰部的背俞穴，胸腹部的募穴及四肢部的原穴、下合穴等特定穴及一些经验穴。在有压痛等阳性反应点注入药物，往往效果更好。
(3)勿忘对应取穴的特殊作用。除可选用经穴、奇穴、阿是穴外，还可按部位对应关系选穴，如胃病，即可取耳穴中的胃穴和第二掌骨侧全息穴中的胃穴进行注射治疗；治阑尾炎，即可取阑尾穴进行穴位注射。
选药注意三点 (1)应辨证选药。如血虚可取复方当归注射液以补血；风寒湿痹可取威灵仙注射液或肿节风注射液以祛风活络、散寒除湿止痛；火热上炎可取银黄注射液或清开灵注射液以清热解毒；中气下陷的胃下垂可选用升芪注射液等。
(2)选药要熟悉药性。如维生素B12作用于糖、蛋白质、脂肪等物质代谢，故常用于贫血、神经炎、营养不良；盐酸普鲁卡因有抑制神经纤维传导和扩张微血管的作用，常用于各种痛症。
(3)要了解一些常用药物及其用途。常用的中药注射液有：当归、复方当归、红花、川芎、复方丹参、板蓝根、清开灵、徐长卿、肿节风、柴胡、鱼腥草、银黄注射液等。常用的西药有：维生素B1、维生素B12、维生素C、维生素K、麻黄素、阿托品、三磷酸腺苷、辅酶A、细胞色素C、氯丙嗪、盐酸普鲁卡因、葡萄糖注射液、生理盐水等。原则上凡是可供肌肉注射的药物都可供穴位注射法使用，但具体应用时应严格遵医嘱选药。
掌握操作方法 (1)体位选择：一般不受体位限制，以便于取穴及注射操作为原则，对于老年人、儿童、身体虚弱、精神紧张及初次接受穴位注射治疗的患者以卧位为宜。
(2)药物剂量：穴位注射的药物剂量应严格按照药物说明书的剂量、不能过量。头面部和耳穴、第二掌骨侧全息穴等处用药量小，每次注射药量为0．1～0．5毫升；胸背部可注射0．5～1毫升；四肢部可注射1～2毫升；腰臀部可注射2～5毫升。刺激性较小的药物如葡萄糖、生理盐水等用量较大，而刺激性较大的药物(如乙醇)以及特异性药物(如抗生素、阿托品)用量较小，一般用常规剂量的1／10～1／3。中药注射液常用量为每穴1～2毫升。
(3)注射角度、深浅及速度：同一穴位可以从不同角度进针，如耳穴，仅在皮下注射成一“皮丘”，坐骨神经痛可在环跳刺人3寸以上，三叉神经痛于面部触痛点皮下注射等。注射时应注意速度，一般以中速为宜，如是慢性病体弱者，应该轻刺激缓慢注入；急性病体强者，可用强刺激快速注入。
(4)严守操作程序：根据所取穴位及用药量的不同选取合适的注射器和针头，抽人药液，选好体位，局部皮肤常规消毒后，用无痛快速进针法将针刺人皮下组织，进针得气后，回抽无回血，即可将药液注入。
(5)根据病情需要决定疗程：急症患者每日注射1～2次，慢性病一般每隔1～3日1次，10次为1个疗程，每个疗程间休息3～5日，再继续第2个疗程。穴位可左右交替使用，治疗中应适当地轮换穴位。
注意事项 (1)应准确选定所需穴位和压痛点及阳性反应点，以免影响效果；要严格无菌操作，防止感染。如因消毒不严而引起的局部红肿、发热应及时处理。
(2)穴位注射时，应对患者说明治疗特点和注射反应，如注射后局部可能有酸胀感，4～8小时内局部有轻度不适，有时不适感持续时间较长，但一般不超过1天。
(3)穴位注射使用的药物，须注意药物的性能、药理作用、剂量、配伍禁忌、副作用和过敏反应。对一些可能产生过敏反应的药物应作过敏试验；副作用严重的药物应慎用。某些中药制剂如双黄连等也可能有反应，注射时应加以注意。
(4)孕妇不宜在腰骶部及下腹部注射，以防引起流产。酒后、饭后以及体力劳动过度时不可立即行穴位注射，以免引．起休克。不宜在表皮破损区穴道上针刺、注射，以免引起深部感染。凡禁针部位及腧穴，严禁采用穴位注射法。