《医疗事故处理条例》是经国务院常务会议通过，以第351号国务院令的形式公布的。其性质是我们通常所说的法律法规的一种，属于行政法规。
我们通常所说的法律法规，是对法律规范的统称。因其效力和层次不同，法律规范可大致分为宪法、法律、行政法规、部门规章、地方性法规等。宪法是国家根本法，具有最高的效力，是立法的基础和依据，也是制定医疗卫生法律、法规的渊源和依据。任何法律、法规都不得与宪法相抵触。法律，是指全国人民代表大会及其常委会制定颁布的法律文件。目前涉及医疗卫生的有《中华人民共和国执业医师法》、《中华人民共和国药品管理法》等。行政法规是指由最高国家行政机关即国务院依据立法机关的授权，通过一定的程序制定的规范性文件。涉及医疗卫生的有《医疗机构管理条例》、《血液制品管理条例》等。国务院各部委只能在其法定的权限内制定有关的规则，即通常说的部门规章，如卫生部只能在其法定的职权内就医疗卫生方面的事宜制定发布规范性文件。目前卫生部已制定的规范性文件主要有《医疗机构管理条例实施细则》、《全国医院工作条例》、《医院工作制度》、《医院工作人员职责》、《医师资格考试暂行办法》、《医师执业注册暂行办法》、《中华人民共和国护士管理办法》等。《医疗事故处理条例》是处理医疗纠纷的专门行政法规，就效力而言，高于部门规章和地方性法规。
《医疗事故处理条例》以国务院令的形式公布，表明我国更加注重依法处理医疗事故和医疗纠纷，卫生行政逐步走向依法行政的轨道。在一段时间内，有的法律工作者把《医疗事故处理条例》与《民法通则》相对立，甚至有人主张发生了医疗事故争议时，绕开《医疗事故处理条例》的规定，以侵权之诉立案，按民法关于民事侵权的规定来处理，这种观点显然是错误的。为解决这一争端，最高人民法院在2003年1月6日下发了《关于参照(医疗事故处理条例)审理医疗纠纷民事案件的通知》，明确规定在条例施行后发生的医疗事故引起的医疗赔偿纠纷，起诉到法院的，参照条例的有关规定办理。