《医疗事故处理条例》第3条规定，处理医疗事故，应当遵循公开、公平、公正、及时、便民的原则，坚持实事求是的科学态度，做到事实清楚、定性准确、责任明确、处理恰当。这一规定明确了卫生行政部门处理医疗事故的基本原则，即公开原则、公平原则、公正原则、及时原则和便民原则。
所谓公开，是指医疗事故的处理要透明，不能暗箱操作。医疗事故发生的原因、基本事实、过错责任、鉴定结论，以及做出处理的依据、最后的处理结果，都要向双方当事人公开。有关医疗事故的情况不能只告知一方当事人，而向另一方当事人封锁。
所谓公平，就是双方当事人要有平等的知情权利，处理的程序、证据的搜集、处理的结果不能偏袒任何一方。
所谓公正，即卫生行政机关的处理或调解要站在中立的立场上，公正地适用法律，不偏不倚。既不能因为与医院方的隶属或其他关系，做出有利于医方的解释或处理，也不能因同情患者一方，就不顾事实做出有利于患者的解释和处理。
所谓及时，是指一旦发生医疗事故，卫生行政部门要及时处置、及时做出结论，遇到纠纷事项，也不能久拖不决。
便民原则，是指医疗事故的处理要方便双方当事人。处理医疗事故，卫生行政部门不能高高在上，要方便人民群众，实行就近处理。
当然，坚持上述原则要兼顾患者和医疗机构及医务人员双方，既不能偏向医院一方，也不能只照顾患者，要保障双方的合法权益。只有这样，才能保证公开、公正和公平。因此《医疗事故处理条例》第1条就开宗明义，为了正确处理医疗事故，保护患者和医疗机构及其医务人员的合法权益，维护医疗秩序，保障医疗安全，促进医学科学的发展，制定本条例。