《医疗事故处理条例》规定，发生医疗事故的赔偿等民事责任纠纷，有三种解决途径：一是医患双方可以协商解决；二是当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，请求卫生行政部门调解；三是直接向人民法院提起民事诉讼。应该说，双方协商解决是一种比较快捷、经济、实用的解决方式。一般情况下，医患双方应首先选择协商解决，协商不成的，仍然可以请求卫生行政部门调解或者向人民法院提起民事诉讼。
协商解决应当遵循以下原则：
(1)双方自愿原则
双方自愿和意思表示一致，是医患双方协商解决的基础。任何一方不能强迫或者勉强另一方进行协商；任何一方不能采取欺骗、胁迫、乘人之危等方式，使另一方对协商的内容发生误解。
(2)平等、公平的原则在协商过程中，双方地位平等，享有平等的权利。承担的民事责任应当合理，应当考虑实际履行能力，不能显失公平。
(3)合法原则
双方解决医疗纠纷，必须符合法律、法规的规定，不能因双方协商而违反法律规定，也不能因协商而损害国家和社会的公共利益，侵犯他人的合法权益。
(4)效率原则
协商的目的是为了尽快地解决争议，这就需要讲究效率。能一揽子解决的，就一揽子解决；部分争议能先予协商解决的，也可就部分问题先行协商解决。实践中，亦有的当事人不知进退，在不能全盘解决时，便拒绝部分协商，导致僵局，结果是损人不利己。例如，某患者因私下注射过量毒品，生命垂危送人医院后来不及抢救便死亡。由于患者方缺乏法律常识，拒不同意尸检，而是陈尸于医院，索要医院赔偿。经工作无效，当地司法机关强制将尸体检验后火化，患者方不仅未得到分文经济赔偿，有关亲属还受到治安处罚。
双方协商的内容应主要包括：
(1)是否属于医疗事故。对于是否为医疗事故，如果双方认定事实清楚，可以自行认定。双方认为需要做出鉴定的，根据条例第20条的规定，可以共同委托负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。
(2)民事责任赔偿的方式和赔偿的具体数额，给付的方式和时限等。
(3)与医疗事故的赔偿等民事责任纠纷有关的其他事项，如病人的善后处理，尸体的处理以及协议后将对双方当事人权利义务产生的其他影响等。
医患双方无论就全部问题还是就部分争议达成一致解决方案的，要制作协议书，双方签字。《医疗事故处理条例》第47条规定，双方当事人协商解决医疗事故的赔偿等民事责任纠纷的，应当制作协议书。协议书应当载明双方当事人的基本情况和医疗事故的原因、双方当事人共同认定的医疗事故等级以及协商确定的赔偿数额等，并由双方当事人在协议书上签名。
协议书一般应包括以下几方面的内容，但具体内容可依协商的内容拟定，原则是要准确反映双方的意思：
(1)医患双方的基本情况，如医疗机构的名称和患者的姓名、地址、所患的疾病等等。
(2)医疗事故的原因、医患双方共同认定的医疗事故的等级。医患双方共同认定的医疗事故的等级，可以是经过医疗事故技术鉴定得出的结论，也可以是医患双方共同认定而没有经过医疗事故技术鉴定的。
(3)确定的具体赔偿数额，给付的方式和时间等。给付的方式，可以是一次性给付，也可以分期给付。给付的时间要明确具体，分期给付的要有时间表和最后期限。
(4)协议生效后，对双方涉及该医疗事故有关权利、义务的影响或者履行责任。
(5)医疗机构盖章，法定代表人、患者或者其监护人签字。如果患者死亡或无意识不能签字的，可以由患者的配偶、直系亲属等签字。
(6)协议签订的日期、协议生效的日期等。