梅花针疗法是以经络学说为指导，从整体观念出发，根据病情不同，采取不同的手法，进行辨证论治。
一、以经络学说为指导
《内经>以一定的篇幅详细叙述了经脉的生成起止，循行分布、交汇以及病症等等。经络像网络似的密布于周身各处，内连脏腑器官，外络肢节体表，将机体的脏腑器官和肢体各部连成为一个完整的统一体。并运行气血，营养周身，抗御病邪，保卫机体。
当病邪侵犯人体，导致经络功能失常，并循经络内传机体而致病。<素问·皮部记>说：“凡十二经脉，皮之部也。是故百病之始生也，必先于皮毛。” <素问·缪刺论>中又说：“邪之客于形也，必先舍于皮毛，留而不去，入舍于孙络，留而不去，人舍于络脉，留而不去，人舍于经脉，内连五脏，散于肠胃，阴阳俱盛，五脏乃伤，此邪之从皮毛而人，极于五脏之次也。”同时，内脏有病也可以通过经络反映于体表，《灵枢·邪客篇》说：“肺必有邪，其气留于两肘，肝有邪气留于两腋，脾有邪其气留于两髀，肾有邪其气留于两脶。”这说明内脏病变，可以在经脉所通过的部位或相应体表发生症状或出现阳性物，根据这一原理，采用梅花针叩刺体表一定部位或阳性反应区，起到通经络平衡阴阳的治疗作用。
另外，《灵枢·经水>篇记载：“若夫八尺之士，皮肉在此，外可度量切循而得之，其死可解剖而视之，其脏之坚脆，腑之大小，谷之多少，脉之长短，血之清浊，气之多少，十二经之多血少气，与其少血多气，与其皆多血气，与其少血气，皆有大数。”根据这一原理并结合临床发现，脊柱两侧的皮部以及阳性反应与内脏有着密切联系。因当内脏病变时，常在体表的一定部位出现阳性反应和阳性物。这为梅花针疗法提供了检查诊断疾病的重要依据。也是治疗时重点刺激的部位。
二、辨证论治
1.急性病：对新感病和急症的治疗，除配合其他方法外，还要选用对中枢神经、血液循环、呼吸机能影响大，能促使机能迅速恢复的有关部位进行刺激。先叩刺脊柱两侧(包括颈、胸、腰、骶、尾部)，再叩刺顶部，最后叩刺病变局部，特别是某些病变在脊柱附近及其有关部位上的反应点、压痛点等。
2.慢性病：病人伺时患几种病症，有较明显主症，也可先刺脊柱两侧，重点治疗主症，兼顾他病，以治本兼治标为原则。
3.对阳性物及阳性反应区重点叩打，临床上可触摸患者体表有条索状物、结节物、泡状软性物，以及酸、痛、麻木部应区域。除重点叩打以外，还要配合相应部位，疗效显著。