指压疗法适应证广，疗效显著，施治安全，易于推广。但这并非是说百无禁忌。应用指压疗法的常见禁忌证有：
(1)高热与各种传染病，严重心脏病和高血压病，肝肾严重损伤，恶性肿瘤等。
(2)外科常见急腹症。
(3)出血性疾病，如血友病、血小板减少性紫癜及过敏性紫癜等。
(4)皮肤感染、溃疡、瘢痕、破损处及脱臼处不可按压。
(5)孕妇腰骶部及腹部的穴位不可按压，合谷、三阴交、至阴、昆仑等具有活血通经作用的穴位，孕妇也禁用。
(6)小儿囟门未闭合时，禁用头顶部穴位。
此外，在运用指压疗法防治疾病时，还应该注意以下事项：
(1)施术时术者应修剪指甲，防止损伤按压处的皮肤，使用切法时可在指下垫少许棉花。
(2)施术时用力要均匀，对于老年、儿童及体质虚弱者手法要轻柔，以患者能耐受为度。
(3)患者精神过于紧张、过劳、过饥、过饱时应适当休息10～20分钟后再行指压治疗。
(4)治疗时，以患者出现酸、麻、胀、重、热感等“得气”现象时为佳，一般局部不出现剧痛。若按压时局部出现剧烈疼痛，应适当减轻压力或改用其他穴位治疗。
(5)每穴按压时间一般为数分钟，特殊病情及特殊手法可不受此限制。急性病每天治疗1～2次，若为急性痛症亦可每天达4—8次；慢性病多为每天1次。