中医认为，耳朵和脏腑经络有着密切的关系。有六条阳经的经脉分别循行于耳中与耳的周围。耳不但通过经络与脏腑有着密切的关系，同时耳又与脏腑的生理、病理直接有关。如肾气通于耳，肾和则耳能闻五音。肺气虚则少气……是以耳聋。
耳针疗法选穴原则：一是根据病变部位选穴。在疾病定位后，可以在耳郭上选取相应的耳穴，如胃痛选胃穴；泄泻选大肠、小肠穴；肩痛选肩穴等。二是根据中医理论选穴。如肺主皮毛，开窍于鼻，皮肤病和肺病时，可以选肺穴；心与小肠相表里，心病、小肠病可选小肠穴亦可选心穴；耳为肾之外窍，耳鸣可以选肾穴；心开窍于舌，舌红、舌烂可以选心穴；肝开窍于目，目赤红肿可以选肝穴，如比等。三是根据现代医学知识选穴。如月经不调选内分泌；胃肠疾病选交感；关节痛选皮质下等。四是根据临床经验选穴。高血压病选高血压点和降压沟，目疾选耳尖穴等。
总之，耳穴治病首先确定病变所在部位，然后在耳郭的相应部位选穴，也可以根据脏腑经络学说取穴。针柄在穴区内寻找反应点，点即压痛作为治疗部位。针刺前，一定要严格消毒。采用5分的毫针，进针的深度以不透过软骨为原则，通常留针30分钟。可在耳穴上压丸或压菜籽，用胶布固定在耳穴上，效果好，而且便于在家中操作。耳针选穴要少而精，多取患侧，有时也取健侧，或双侧同用。