喻嘉言本来不姓喻，而是姓朱，是明朝宗室宁王的后代。他从小聪明好学，精力过人，诸子百家无所不览。他不但知识渊博，而且诗文也相当不错。明天启年闻，他考中贡生，崇祯三年(1630年)中副榜，迸京参加会试落第。明朝末年，内有闯王之乱，外有清兵进犯，国家危在旦夕，百姓苛捐杂税沉重。朱昌在京期间，与诸生上书崇祯，要求修整法制、安定百姓。崇祯刚愎自用，不相信朱昌这样的举子会有什么治国良策，所以没有理会他的建议。
朱昌在北京居住了三年，宏图大志得不到施展，郁郁不乐地回到了家乡江西，开始研究阴阳五行和炼丹术，攻读《黄帝内经》、《伤寒论》等中医经典。当时临川才子陈际泰、艾南英，常熟名流钱谦益都很仰慕他的才学，和他结交往来。不久明朝灭亡，满族人关，推行残酷的民族压迫政策，遭到汉人的强烈反抗。后来．清朝统治者又改以怀柔手段，特下诏书，征求明朝有学问的遗臣到北京做官。但朱昌等人拒召。不仅如此，朱昌还留须蓄发．以反抗“留发不留头”的清朝政策。
根据钱谦益的《喻嘉言逸事》记载：清朝入关之后，朱昌便隐讳了自己的本姓，开始在朱字上加一捺，变成余，后来又改用与余同音的字，为俞，最后加一口，为喻。因此朱昌在明朝灭亡之后，隐瞒了他的真实姓氏，改姓朱为姓喻。
改名喻嘉言之后的朱昌，为了更好地隐蔽自己的身份．他最终选择了出家为道，并实行打坐与气功疗法，经过近二十年的锻炼，居然把自己所有的疾病都治好了。瘦弱的身躯也变得结实起来。人们都尊其为“真人”，认为他得到长桑君的真传医术奥秘．熟悉人体构造。也因为如此，喻嘉言决定以行医来实现他救世济民的志愿。