卫生部门交由鉴定这种方式适用于两种情况，一是医疗机构报告发生重大医疗过失行为；二是医疗事故争议当事人要求卫生行政部门处理医疗纠纷。
因医院发生“重大医疗过失行为”而移交有关医学会进行鉴定，要符合以下几点情况：
(1)交由鉴定的时间，应当是“接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告”之后，如果医疗事故争议当事人双方已委托鉴定或者一方已向人民法院起诉，卫生行政部门则不交由鉴定。
(2)只有在卫生行政部门认为“需要进行医疗事故技术鉴定”时，再行移交。如果认为不需要，则不必移交。这种启动方式，可以有效地解决两个问题：一是防止或者减少出现回避医疗事故技术鉴定、掩盖医疗事故发生、逃避承担法律责任的情形；二是促使医患双方尽早启动鉴定程序，缩短处理医疗纠纷的时间。
第二种情况是医疗事故争议当事人要求卫生行政部门处理医疗纠纷，由卫生部门移交鉴定。根据条例规定，卫生行政部门不再承担医疗事故技术鉴定机构事务性工作，而负责组织医疗事故技术鉴定工作的医学会属于学术性社会团体，不具有行政管理职能。如果医疗纠纷的一方当事人向医学会申请医疗事故技术鉴定，另一方当事人拒绝提供与鉴定有关的病案资料、实物等，或者以其他方式不配合鉴定，该医学会势必陷入无可奈何的境地，致使鉴定工作无法进行，为此，本条例确定了由卫生行政部门移送鉴定的方式来启动鉴定程序。当医患双方发生医疗纠纷后，任何一方均可以要求卫生行政部门处理。卫生行政部门依照本条规定进行审查，予以受理并认为需要进行医疗事故技术鉴定的，在规定时间内将材料移交负责医疗事故技术鉴定工作的医学会。
以上两种情况下，交由鉴定的启动方式具有一个共同点：“对需要进行医疗事故技术鉴定的”，才交由鉴定。由此看来，还有不“需要”鉴定的情况。这是否意味着卫生行政部门具有一定的医疗事故的判定权?我们认为应当作这样理解：实践中，有的医疗事故无须经过专家鉴定，平常人即可做出正确结论，如果将这类“重大医疗过失行为”与“医疗纠纷”一并交由进行医疗事故技术鉴定，不仅没有实际意义，反而增加了医患双方当事人的经济负担，有违于处理医疗事故应当遵循的“及时、便民”原则。当然，卫生行政部门在决定“需要”还是“不需要”进行医疗事故技术鉴定时，要以能不能判定属于还是不属于医疗事故复杂性等特点，卫生行政部门进行判定时应当慎重行事，量力而行。对事实清楚、情节简单、纠纷不大，不涉及判定残疾程度和医疗行为在医疗损害后果中责任程度的，可以自行判定是否属于医疗事故。除此之外，应当移交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。否则，很有可能被提起行政复议或者行政诉讼。